Binh biến Phạm Tử Nghi

Giữa lúc Mạc Hiến Tông mới mất, Lê Trang Tông được sự phò trợ của Trịnh Kiểm đang gây lại việc binh đao thì trong triều Mạc lại nảy sinh sự bất hòa. Tướng Tứ Dương hầu Phạm Tử Nghi bàn:

Nhưng những người trong tông tộc nhà Mạc không nghe theo, Mạc Kính Điển và đại thần Nguyễn Kính cũng không ưng thuận. Không được toại nguyện, Phạm Tử Nghi sinh lòng khác, bí mật họp một số tướng làm việc phản loạn. Mạc Phúc Nguyên được Mạc Kính Điển đưa đi lánh về miền Đông, Nguyễn Kính và Mạc Kính Điển sau đó lại phải đem quân về cứu Phúc Nguyên. Phạm Tử Nghi phải rút khỏi kinh đô đem Mạc Chính Trung về chiếm cứ vùng Hoa Dương, Phủ Tiên Hưng (nay là huyện Ngự Thiên, Thái Bình) và lập Chính Trung lên ngôi nhưng không được các quan văn võ thuận theo.

Mạc Kính Điển, Nguyễn Kính tiếp tục đuổi đánh Tử Nghi mấy trận chưa xong, Mạc Phúc Nguyên sai Phụng Quốc công Lê Bá Ly hợp binh cùng Kính Điển đánh Tử Nghi. Phạm Tử Nghi thua phải rút chạy ra An Quảng. Sau khi thất thế Mạc Chính Trung phải đem gia quyến và thuộc hạ chạy sang Lưỡng Quảng và an cư ở Thanh Viễn.

Năm 1548 Lê Trang Tông chết, Trịnh Kiểm đưa Lê Huyên, con của Trang Tông, lên nối nghiệp ở Thanh Hóa và lấy niên hiệu Thuận Bình thứ nhất, tức là vua Lê Trung Tông.

Năm 1549, Mạc Chính Trung chạy sang Trung Quốc, tự nhận mình là người thừa kế ngôi vị hợp pháp. Nhà Minh ngờ vực Mạc Tuyên Tông không phải dòng dõi Mạc Thái Tổ nên sai sứ đưa thư sang hỏi. Mạc Kính Điển cùng Lê Bá Li hộ vệ Mạc Tuyên Tông lên ải Trấn Nam gặp sứ nhà Minh. Theo Đại Việt thông sử, quan nhà Minh tại Lưỡng Quảng chấp thuận công nhận Mạc Tuyên Tông.[3] Còn theo Minh thực lục, ngày 8 tháng 3 năm 1550, Thượng thư bộ Lễ nhà Minh đòi phải tra xét lại trước khi phong Mạc Tuyên Tông.[4]

Sau Tử Nghi lại đem Chính Trung quay về Yên Quảng định đánh Đông Kinh. Năm 1551, Mạc Kính Điển mang quân đi dẹp Phạm Tử Nghi, sai kẻ dưới quyền lừa bắt được Tử Nghi đem chém. Mạc Chính Trung bỏ chạy sang Trung Quốc và bị giết. Có thuyết nói Tử Nghi chết về tay người Minh. Đầu tháng 11 năm 1551, quan Tổng đốc Lưỡng Quảng là Âu Dương Tất Tiến (Ou-yang Bi-jin - 歐陽必進) theo lệnh đã tặng thưởng cho người của Mạc Phúc Nguyên vì giúp bắt giữ và mang đầu Phạm Tử Nghi sang giao nộp.[5][6]

Tháng 2 năm 1551, nhà Minh chấp thuận việc xin phong của Mạc Phúc Nguyên.[6]

Vụ ly khai của hai nhà Lê, Nguyễn

Phạm Quỳnh, Phạm Giao là người được Mạc Kính Điển tin dùng,[7] thấy Lê Bá Ly lập công lớn và cũng được Kính Điển trọng dụng, có thanh thế nên Phạm Quỳnh, Phạm Giao đem lòng ghen tỵ, dèm pha để Kính Điển khỏi tin dùng Bá Ly. Song vốn là người trung nghĩa Mạc Kính Điển không tin lời dèm, Phạm Quỳnh, Phạm Giao lại đem ý gièm pha với Mạc Tuyên Tông. Tuyên Tông còn nhỏ tuổi, tin theo lời cha con Phạm Quỳnh.

Tháng 2 năm 1551, ngày 12 Phạm Quỳnh, Phạm Giao tự ý đem quân vây đánh Lê Bá Ly nhưng bị Lê Bá Ly liên kết với thông gia Nguyễn Thiến đánh bại. Mạc Phúc Nguyên bèn cho quân tiếp ứng đánh Lê Bá Ly. Lê Bá Ly một mặt cho quân kháng cự với nhà vua song một mặt dâng sớ tâu lên nhà vua là không dám có sự mưu phản, song Mạc Phúc Nguyên không tin. Vì vậy, Lê Bá Ly tức giận, cùng gia đình Nguyễn Thiến đem quân về Thanh Hóa đầu hàng Lê Trung Tông. Trung Tông vui mừng liền phong Lê Bá Ly tước Phụng Quốc công. Nhà Mạc bị mất một lúc nhiều tướng giỏi là cha con Lê Bá Ly – Lê Khắc Thận, cha con Nguyễn Thiến – Nguyễn Quyện, Nguyễn Miễn.

Giằng co với quân Lê - Trịnh

Tháng 5 năm 1552, Lê Trung Tông lại sai Thái sư Trịnh Kiểm xuất quân đánh Phúc Nguyên, Phúc Nguyên phải bỏ Kinh thành rút về Kim Thành. Lê Bá Ly thấy thế Phúc Nguyên đã giảm dâng sớ xin đón Trung Tông về Đông Đô, nhưng Trịnh Kiểm lượng sức thấy chưa thể thắng nổi Phúc Nguyên nên không thuận theo lối bàn của Lê Bá Ly. Thắng được trận đánh song Trung Tông lại lui binh về Thanh Hóa. Phúc Nguyên chiếm lại Đông Đô nhưng vẫn đóng ở Bồ Đề và sai Kính Điển đóng ở Yên Mô và các tướng khác trấn giữ các trấn: Sơn Nam, Sơn Tây. Phúc Nguyên xuống chiếu cấm các quan quân ở mọi vùng không được nhiễu dân nên trên dưới vẫn yên, kỷ cương lại đúng đắn. Thấy cõi bờ đã yên, năm 1555 Phúc Nguyên lại sai Mạc Kính Điển đem quân vào Thanh Hóa tiếp tục đánh Trung Tông nhưng không thắng lại rút quân về.

Năm 1556, Lê Trung Tông chết, Thái sư Trịnh Kiểm đưa Lê Anh Tông lên ngôi.

Năm 1557, Phúc Nguyên lại sai Mạc Kính Điển đánh Thanh Hóa, năm này Lê Bá Ly ốm chết, Thiệu Quốc công Nguyễn Thiến cũng chết, con trai là Nguyễn Quyện, Nguyễn Miễn đem quân về hàng Mạc. Mạc Tuyên Tông phong tước hầu cho hai anh em Nguyễn Quyện và sai cùng đi đánh Lê Anh Tông.

Từ khi Lê Anh Tông lên ngôi, Trịnh Kiểm liên tiếp xuất quân chống lại nhà Mạc suốt từ 1557–1564. Khi này, Mạc Phúc Nguyên uy thế có yếu hơn so với thế lực Lê – Trịnh, quân Lê – Trịnh đã chiếm lại được nhiều vùng của nhà Mạc song vẫn chưa dám vào kinh đô vì nhà Mạc có giảm về thế và lực song chưa đến mức chỉ bị động đối phó mà nhiều phen Mạc Kính Điển xuất quân đánh vào tận Thanh Hóa, có trận Mạc Phúc Nguyên thân chính đốc xuất binh mã và nhiều trận thắng lớn.